Enligt Katrineholms kommuns kulturmiljöprogram från 1988 (Campbell) står att Mosstorp omnämns i skriftliga källor redan under 1600-talet, och att byggnaden tidigare varit boställe åt kaplanen i Björkviks församling. Den enda källa som styrker denna uppgift finns i Robert Mörners sockenbeskrivning från 1933. Där står att Björkviks sockens komministrar länge hade ”obestämda och växlande” bostäder. Under 1660-talet begärde församlingen av kronan att få ta över eller använda några oskattlagda torp som komministerbostäder, bland annat Hanebo och Mosstorp. Eftersom dessa låg långt från kyrkan dröjde det bara några år till Hult (år 1667) blev den nya kaplansbostaden (Mörner 1933, s. 86). Namnet
Mosstorp förekommer inte heller i Ivar Schnells redogörelse av socknens kaplaner, komministrar och deras boställen i beskrivningen av Björkviks socken (1963). I stället nämns torpen Vad, Stenkullen och Hult - det sistnämnda pekas också ut
som komministerbostad fr.o.m. 1667. Därför är det rimligt att anta att Mosstorp faktiskt har varit kaplansbostad, men under en synnerligen kortvarig period på bara ett fåtal år under 1660-talet.
I Erik Fants beskrivning av Björkviks socken från 1786 anges att Mosstorp då hörde till Hofsta säteri och utgjorde ett åttondels mantal. Tyvärr har inga andra
uppgifter som styrker detta hittats. Under hela 1900-talet ägde Jönåkers häradsallmänning kaplansstugan. Under 1950-talet användes den av scouterna (Öberg 2021). 1986 renoverades taket av Björkviks hemsbygdsförening i samarbete med Södermanlands museum. Byggnadens tak utgjordes då av enkupigt tegel som låg på ett äldre torvtak. Tegeltaket togs bort. Troligtvis tillkom då det nuvarande råspontade underlagstaket. Asfaltspapp och platonmatta lades som tätskikt under ny täckning av två lager grästorv.
2017 sålde Björkviks hembygdsförening Mosstorp till dess nuvarande ägare.